序列和蛋白質接合為重度運算的任務，因此在使用支援CUDA的GPU後，更可以明顯看出效能提升所帶來的好處。

NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。

專攻生醫資訊和生命科學之獨立軟體開發商(ISV)及採用CUDA的應用程式

使用CUDA的生醫資訊軟體

• GPU HMMER :在支援CUDA的GPU上執行HMMER

• MUMmerGPU:使用CUDA提高DNA序列比對的效率

• CUDASW++ : 利用支援CUDA的GPU進行蛋白序列資料庫 (Smith-Waterman)掃描

• GPU 上的 Smith-Waterman 代碼

• 線上CUDA Smith-Waterman

• 採用CUDA的ClustalW : 使用CUDA的多重序列排比

• 蛋白質摺疊研究計畫Folding @ home使用支援CUDA的GPU

• LISSOM:人類大腦新皮質模型使用CUDA

• Silicom Informatics推出基於CUDA的AutoDock

生醫資訊採用CUDA的技術報告

• • 序列比對

  • MUMmerGPU:使用CUDA提高DNA序列比對的效率

  • CUDASW++: Smith-Waterman序列資料庫搜尋

  • Smith-Waterman序列比對使用CUDA

  • 使用CUDA的生物資訊論文

    • Infernal-GPU:CUDA加速RNA比對，Infernal(RNA比對的推論)

  • SWAMP序列比對

  • CMatch:快速蛋白質和基因序列串配對

  • 接合

  • 3D立體蛋白質接合

  • 使用CUDA加速PIPER

    • 威斯康辛大學的蛋白質接合任務及David Dynerman的受訪影片

  • 美國國家癌症中心的Jack Collins談及GPU運算

• High-performance computational pipeline for metagenomic data analysis

• MrBayes on GPU

• 針對生物系統的隨機模擬演算

• 人類視覺皮質區的自我組織運算模型

• DNA微陣列工具，以GPU計算配對歐氏距離檢驗基因型式

Presentations 

2012 年 GPU 技術會議：

• • Acceleration of Complex Network Analysis – 新堡大學

  • GHOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metgenomics – 東京工業大學

  • Algorithms and Tools for Bioinformatics on GPUs – 南洋理工大學

  • SeqNFind: Application of CUDA GPU Technologies to Sequence Alignment Techniques – Accelerated Technology Labs

  • Swift: A GPU-based Smith-Waterman Sequence Alignment Program – 聖猶大兒童研究醫院 (St. Jude Children’s Research Hospital)

  • CUMACH – A Fast GPU-based Genotype Imputation Tool – NVIDIA

  • SOAP3: GPU-based Compressed Indexing and Ultra-fast Parallel Alignment of Short Reads – BGI

  • Accurate Sequence Alignment Using Distributed Filtering on GPU Clusters – 伊利諾大學香檳分校和加州大學伯克萊分校

  • Towards Computing the Cure for Cancer – 維吉尼亞理工大學

  • High-Throughput Epistasis Screening Using GPUs – Insilicos LLC

  • GPGPU Accelerated Protein Similarity Measures Identifying Biological Relevant Structure – 范德堡大學

  • Dynamic Programming on CUDA: Finding the Most Similar DNA Sequence – IBM 波蘭

  • The Advantage of GPU Computation for Analyzing Complex Traits – 浙江大學

  • GPU Accelerated Bioinformatics Research at BGI - BGI

更多簡報內容，請見 GTC On-Demand

利用CUDA加速的相關垂直應用

• 醫學成像

• 分子動力

• 計量化學

• AccelerEyes Jacket™ for MATLAB®

• MATLAB®

亦可參考

• Tesla/CUDA成功案例

• 其他Tesla垂直解決方案

• CUDA軟體開發工具和資料庫