http://www.ichec.ie/research/gpgpu_projects.php
專案網址:http://www.stfc.ac.uk/cse/default.aspx
分子動力學軟體，由stfc開發，網路上可以找到版本，或者申請。
軟體支援特性:二體力、鏈結細胞配對、Ewald SPME力、Shake VV
本軟體歡迎有志一同的台灣地區使用者，在GPU的機器上的應用與交流，來信或者來電查詢。
//資料蒐集，備份，暫存:
DL-Poly计算的扩散系数
以 DL-Poly 计算出来的扩散系数 diffusion coefficient
与实验结果比较相差很多的情况
各位都是以什么方法修正
让模拟结果可以与实验值符合
那是你用的力场不合适吧。选择合适的力场或者对力场参数进行优化。
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先，MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient，它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种，宏观实验方法如TEOM等得到的都是Fick diffusion coefficient，不能直接与MD结果比较。宏观扩散与微观扩散的比较我记得David Sholl在06年写过一篇account，很不错的，LZ可以找找。要想把MD的结果与实验直接比较，像QENS、PFG-NMR这样的方法得到的数据还是“可”比较的。
另外，由于扩散的模拟对体系初始构型很敏感，通常要进行ns级的长时间的模拟，对同一个体系往往要使用不同的初始构型独立模拟10遍以上，求取平均值及error bar。