分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中，我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體，例如 NAMD和HOOMD 

NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。

專攻分子動力學之獨立軟體開發商(ISV)及採用CUDA的應用程式

下載CUDA的分子動力學軟體

• VMD中GPU加速功能相關資訊

• 包括CUDA加速的NAMD 2.7 Beta 2版

• HOOMD：高度最佳化物件導向分子動力學

• LAMMPS GPU埠

• MDGPU

• GPUGrid.net

• OpenMM資料庫被用於在GPU上加速分子動力學

• 使用Open MM的GROMACS

• ACEMD 生物分子動力學套裝軟體

• AMBER(即將推出) – 請參考使用OpenMM的論文

  • BigDFT : DFT (密度函數理論)電子結構編碼 -- PDF檔案

• TeraChem: 首款針對CUDA繪圖處理器重頭編寫的量子科學碼

CUDA的分子動力學報告

• 加速VASP：利用GPU加速電子架構平面波計算效率。

  • 在2008超級運算大會針對NAMD 和 VMD推出的CUDA指導

• NAMD和VMD刊物

• 基於GPU硬體的光滑粒子-Mesh Ewald (Smooth Particle-Mesh Ewald ;PME)方法

• 在GPU（图形处理器）上加速AMBER分子动力学模拟

• 高度最佳化物件導向分子動力學

• 螢光顯微鏡技術

• 取得MD模擬的強大力量

• 蛋白質折疊研究計畫 (運作GROMACS)

• Ascalaph流體MD

2012 年 GPU 技術會議:

• • Towards Routine Microsecond Molecular Dynamics Simulations on Commodity Hardware – 加州大學聖地牙哥分校

  • GPU-Accelerated Molecular Dynamics Simulations of Solid Covalent Crystals – 中國科學院

  • Advancing GPU Molecular Dynamics: Rigid Bodies in HOOMD-blue – Joshua Anderson

  • An Innovative Massively Parallelized Molecular Dynamic Software – IFPEN

  • Compuational Screening of Novel Carbon Capture Materials – 加州大學伯克萊分校 / 伯克萊實驗室

  • Petascale Molecular Dynamics Simulations on GPU-Accelerated Supercomputers – 伊利諾大學香檳分校

  • GPU-Based Molecular Dynamics Simulations of Protein and RNA Assembly – 維克森林大學

  • VMD: High Performance Molecular Visualization and Analysis on GPUs – 伊利諾大學香檳分校

  • A Study of Persistent Threads Style Programming Model for GPU Computing – 加州大學戴維斯分校

  • Terascale Volume Visualization in Neuroscience - KAUST

  • GPU Enabled Macromolecular Simulation: Challenges and Opportunities – 德拉瓦大學

  • Probing Bio-Nano Interface Structure from Microsecond Molecular Dynamics on GPUs – 凱斯西儲大學

  • Strong Scaling for Molecular Dynamics Applications – NVIDIA

  • Efficient Molecular Dynamics on Heterogeneous GPU Architectures in GROMACS – 瑞典皇家理工學院

  • Molecule Dynamics, GPUs, and EC2 – Amazon Web Services

更多簡報內容，請見 GTC On-Demand

CUDA – 針對相關垂直領域的加速

• 計量化學

• 醫療成像

• 生醫資訊和生命科學

• MATLAB加速

亦可參考

• Tesla/CUDA成功案例

• 其它Tesla纵向解决方案

• CUDA軟體開發工具和資料庫