CHARMM(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)是一種用於分子動力學的分子力場,同時,採用這種力場的分子動力學軟件包也採用了這個名稱。CHARMM是一個被廣泛承認並應用的分子動力學模擬程序,用於生物大分子的模擬,包括能量最小化,分 子動力學和蒙特卡羅模擬等。程序採用由哈佛大學的Martin Karplus教授建立的CHARMM力場,可以為用戶提供處理各種小分子、大分子(包括蛋白質、核酸和糖)的經驗化能量計算,包括:相互作用能及構象能量、局域最小化、旋轉勢壘、與時間相關的動力學行為、振動頻率等。模擬過程提供了有關分子結構、相互作用、能量等信息。CHARMM包含具有專家特點的標準最小化和分子動力學方法,包括正則模式計算、相關性分析、量子力學與分子力學相結合的方法等。CHARMM開發項目包括一個與Martin Karplus及其在哈佛的研究小組合作的開發者網絡,這個網絡包含了美國等地的開發者,協同開發及維護CHARMM軟件包。這個軟件允許進行學術研究的個人及小組在支付一定費用之後得到使用許可。 商業版本的CHARMM,名稱為CHARMm(請注意此處的小寫'm'),可以從Accelrys公司處得到。 特徵: 是一個多功能的和廣泛使用的多粒子系統,具有廣闊的應用分子模擬程序 已開發與研究分子生物的興趣點,其中包括的多肽,蛋白質,假肢組,小分子配體,核酸,脂類和碳水化合物的主要焦點,因為它們在溶液中,晶體,膜環境發生 提供了一個計算工具,其中包括眾多的構象和路徑抽樣方法,自由能估計,分子最小化,動態和分析技術,模型建設能力的大套房。 更廣泛的多粒子系統類 可利用各種能源的功能和模式,從混合量子力學分子力學力場,所有原子與明確的溶劑和各種邊界條件的古典潛力,隱溶劑和膜模型 已經被移植到多種平台串行和並行體系結構 2011年8月15日,CHARMM發布了最新的版本C36b1,該版本重構和優化了CHARMM Fortran95版本. |
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