分子動力學

分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中，我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體，例如 NAMD和HOOMD

NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。


AMBER AMBER軟體中的Generalized Born模擬聖地牙哥超級運算中心	GPU叢集上的NAMD效能提升伊利諾大學香檳分校(UIUC)理論和計算生物物理組

專攻分子動力學之獨立軟體開發商(ISV)及採用CUDA的應用程式

獨立軟體供應商(ISV)	說明	GPU 優勢
ACEMD	分子力學力場及隱式與顯式溶劑的 GPU 模擬	160 奈秒/天
AMBER 11	力學立場的模擬，基於CUDA的隱性＆顯性溶液	速度加快十倍：從CPU處理需數分鐘縮短至GPU的數秒鐘
NAMD	針對大型分子系統的高效能模擬而設計	四顆GPU的效能表現優於由十六顆四核心CPU所組成的叢集。
GROMACS	模擬複雜的生化分子鍵作用力	速度加快三至五倍：加速PME和隱性溶液Generalized Born方法
VMD	以3-D繪圖視覺化和分析大型生物分子系統	速度加快二十至一百倍: 讓分子系統的互動和3-D顯示成為可能
Schrodinger Core Hopping	快速篩選新核心以改善藥物特性	更快、更精確及更創新的藥物研發
NWCHEM	針對高效能運算(HPC)叢集設計的計算化學套裝軟體	預定發行日期：2010年第三季

下載CUDA的分子動力學軟體

CUDA的分子動力學報告

2012 年 GPU 技術會議:

Towards Routine Microsecond Molecular Dynamics Simulations on Commodity Hardware – 加州大學聖地牙哥分校
GPU-Accelerated Molecular Dynamics Simulations of Solid Covalent Crystals – 中國科學院
Advancing GPU Molecular Dynamics: Rigid Bodies in HOOMD-blue – Joshua Anderson
An Innovative Massively Parallelized Molecular Dynamic Software – IFPEN
Compuational Screening of Novel Carbon Capture Materials – 加州大學伯克萊分校 / 伯克萊實驗室
Petascale Molecular Dynamics Simulations on GPU-Accelerated Supercomputers – 伊利諾大學香檳分校
GPU-Based Molecular Dynamics Simulations of Protein and RNA Assembly – 維克森林大學
VMD: High Performance Molecular Visualization and Analysis on GPUs – 伊利諾大學香檳分校
A Study of Persistent Threads Style Programming Model for GPU Computing – 加州大學戴維斯分校
Terascale Volume Visualization in Neuroscience - KAUST
GPU Enabled Macromolecular Simulation: Challenges and Opportunities – 德拉瓦大學
Probing Bio-Nano Interface Structure from Microsecond Molecular Dynamics on GPUs – 凱斯西儲大學
Strong Scaling for Molecular Dynamics Applications – NVIDIA
Efficient Molecular Dynamics on Heterogeneous GPU Architectures in GROMACS – 瑞典皇家理工學院
Molecule Dynamics, GPUs, and EC2 – Amazon Web Services

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CUDA – 針對相關垂直領域的加速

亦可參考