官方主頁: http://www.gromacs.org/

簡介　
GROMACS是分子動力學通用軟件包，用於模擬含幾百到幾百萬粒子體系的牛頓運動方程。它特別適用於生物分子，如蛋白質，油脂等有大量複雜健作用的體系，但是由於GROMACS在計算非鍵作用（這佔了模擬的主要部分）時相當快，因此也可廣泛應用於非生物體系，如聚合物。

功能 　
GROMACS除了支持現代分子動力學的全部常見算法，還有一些頗具競爭力的新特色：
1. GROMACS對代碼進行了很多算法上的和針對不同硬件的優化，執行效率通常比其它同類程序高3 -10倍
2. GROMACS界面友好
3.不用腳本語言，所有程序使用簡單的命令行選項接口用於輸入和輸出文件。程序還提供支持全部程序模塊的圖形用戶界面
4.進行計算時，GROMACS會告訴用戶用了多少時間，以及預計還需要多長時間
5.輸入文件和軌跡文件與硬件無關，因此可以被不同版本的GROMACS讀取。程序還具有向下兼容性
6.通過使用有損耗壓縮技術，提供了存儲軌跡文件的緊湊方法
7.大量用於軌跡分析的工具，並可提供數學分析軟件Xmgr/Grace格式的圖
8.軌跡瀏覽器，只需要標準X的支持
9.使用標準MPI通信進行並行計算
10.GROMACS包含幾種絕妙的算法，可以極大地提高計算效率卻不損失計算精度
11.包含完全自動的拓撲生成器，產生蛋白質甚至是多聚體的結構
12.正在開發的GROMACS到量子化學和生物信息學數據庫的接口