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GROMACS

官方主頁: http://www.gromacs.org/

簡介 
GROMACS是分子動力學通用軟件包,用於模擬含幾百到幾百萬粒子體系的牛頓運動方程。它特別適用於生物分子,如蛋白質,油脂等有大量複雜健作用的體系,但是由於GROMACS在計算非鍵作用(這佔了模擬的主要部分)時相當快,因此也可廣泛應用於非生物體系,如聚合物。

功能  
GROMACS除了支持現代分子動力學的全部常見算法,還有一些頗具競爭力的新特色:
1. GROMACS對代碼進行了很多算法上的和針對不同硬件的優化,執行效率通常比其它同類程序高3 -10倍
2. GROMACS界面友好
3.不用腳本語言,所有程序使用簡單的命令行選項接口用於輸入和輸出文件。程序還提供支持全部程序模塊的圖形用戶界面
4.進行計算時,GROMACS會告訴用戶用了多少時間,以及預計還需要多長時間
5.輸入文件和軌跡文件與硬件無關,因此可以被不同版本的GROMACS讀取。程序還具有向下兼容性
6.通過使用有損耗壓縮技術,提供了存儲軌跡文件的緊湊方法
7.大量用於軌跡分析的工具,並可提供數學分析軟件Xmgr/Grace格式的圖
8.軌跡瀏覽器,只需要標準X的支持
9.使用標準MPI通信進行並行計算
10.GROMACS包含幾種絕妙的算法,可以極大地提高計算效率卻不損失計算精度
11.包含完全自動的拓撲生成器,產生蛋白質甚至是多聚體的結構
12.正在開發的GROMACS到量子化學和生物信息學數據庫的接口


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