生醫資訊和生命科學

序列和蛋白質接合為重度運算的任務，因此在使用支援CUDA的GPU後，更可以明顯看出效能提升所帶來的好處。

NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。

BGI 利用 GPU 加速基因分析
了解中國基因大廠 BGI 如何透過 NVIDIA Tesla GPU 提升 DNA 定序速度。

瀏覽其他成功案例。

利用GPU加速HMMER 可利用的資訊學	利用GPU提高DNA序列比對的效率 Schatz, et al

專攻生醫資訊和生命科學之獨立軟體開發商(ISV)及採用CUDA的應用程式

使用CUDA的生醫資訊軟體

• GPU HMMER :在支援CUDA的GPU上執行HMMER
• MUMmerGPU:使用CUDA提高DNA序列比對的效率
• CUDASW++ : 利用支援CUDA的GPU進行蛋白序列資料庫 (Smith-Waterman)掃描
• GPU 上的 Smith-Waterman 代碼
• 線上CUDA Smith-Waterman
• 採用CUDA的ClustalW : 使用CUDA的多重序列排比
• 蛋白質摺疊研究計畫Folding @ home使用支援CUDA的GPU
• LISSOM:人類大腦新皮質模型使用CUDA
• Silicom Informatics推出基於CUDA的AutoDock

• 序列比對
• MUMmerGPU:使用CUDA提高DNA序列比對的效率
• CUDASW++: Smith-Waterman序列資料庫搜尋
• Smith-Waterman序列比對使用CUDA
• 使用CUDA的生物資訊論文
• Infernal-GPU:CUDA加速RNA比對，Infernal(RNA比對的推論)
• SWAMP序列比對
• CMatch:快速蛋白質和基因序列串配對

• 接合
• 3D立體蛋白質接合
• 使用CUDA加速PIPER
• 威斯康辛大學的蛋白質接合任務及David Dynerman的受訪影片
• 美國國家癌症中心的Jack Collins談及GPU運算
• High-performance computational pipeline for metagenomic data analysis
• MrBayes on GPU
• 針對生物系統的隨機模擬演算
• 人類視覺皮質區的自我組織運算模型
• DNA微陣列工具，以GPU計算配對歐氏距離檢驗基因型式

2012 年 GPU 技術會議：

• Acceleration of Complex Network Analysis – 新堡大學
• GHOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metgenomics – 東京工業大學
• Algorithms and Tools for Bioinformatics on GPUs – 南洋理工大學
• SeqNFind: Application of CUDA GPU Technologies to Sequence Alignment Techniques – Accelerated Technology Labs
• Swift: A GPU-based Smith-Waterman Sequence Alignment Program – 聖猶大兒童研究醫院 (St. Jude Children’s Research Hospital)
• CUMACH – A Fast GPU-based Genotype Imputation Tool – NVIDIA
• SOAP3: GPU-based Compressed Indexing and Ultra-fast Parallel Alignment of Short Reads – BGI
• Accurate Sequence Alignment Using Distributed Filtering on GPU Clusters – 伊利諾大學香檳分校和加州大學伯克萊分校
• Towards Computing the Cure for Cancer – 維吉尼亞理工大學
• High-Throughput Epistasis Screening Using GPUs – Insilicos LLC
• GPGPU Accelerated Protein Similarity Measures Identifying Biological Relevant Structure – 范德堡大學
• Dynamic Programming on CUDA: Finding the Most Similar DNA Sequence – IBM 波蘭
• The Advantage of GPU Computation for Analyzing Complex Traits – 浙江大學
• GPU Accelerated Bioinformatics Research at BGI - BGI

更多簡報內容，請見 GTC On-Demand

• 醫學成像
• 分子動力
• 計量化學
• AccelerEyes Jacket™ for MATLAB®
• MATLAB®

• Tesla/CUDA成功案例
• 其他Tesla垂直解決方案
• CUDA軟體開發工具和資料庫